Beniaján hunde las raíces de su memoria en todas aquellas culturas que, a lo largo de siglos, han pasado por su territorio. La civilización argárica (1700-1200 a.C.) constituye el primer referente de asentamiento humano en esta zona con el poblado del Puntarrón Chico, yacimiento de excepcional interés cuyas piezas extraídas pueden contemplarse en el Museo Arqueológico Provincial. También los íberos dejaron huella en el paisaje beniajanense, aunque ya mucho más repartida por toda la serranía. Pero no sería hasta la llegada de los romanos a la Vega del Segura cuando, finalmente, se empiezan a ocupar las zonas más bajas del entonces pantanoso valle; se crearon vías de comunicación, infraestructuras y surgen poblados como el de Vilanova: aldea de poca entidad pero ya emplazada junto al río, que posteriormente daría origen al Beniaján árabe que ha evolucionado hasta nuestros días.
La invasión musulmana transformaría por completo y de forma definitiva el paisaje: sobre la llanura, hasta entonces salpicada de almarjales y nada productiva, se trazó una red de acequias para distribuir las aguas del Segura y del Guadalentín, dando lugar al vergel que hoy constituye la incomparable Huerta Murciana. Las aldeas del valle resurgieron bajo dominio árabe, como así ocurrió con Vilanova, conocida desde entonces con el nombre de Benihayzaram; también aparece escrito en algunos documentos como Benihazram, Abenihazram o Aben Hazarani. Esta nueva nomenclatura proviene de la unión de dos palabras árabes, siendo la primera de ellas Beni, prefijo muy extendido en Levante y que significa "hijos o descendientes"; en cuanto a la segunda palabra existen tres teorías: por un lado, algunos historiadores defienden que se trata de Hasam (nombre propio del señor de las tierras donde se asienta la villa), dando a entender que Beniaján se traduciría como "Hijos de Hasam"; otros señalan que la palabra en cuestión es Jayzaran o Jayzaram, cuya transcripción en árabe alude a los cañaverales que jalonan los cauces de agua (por cierto, muy abundantes en nuestra huerta), es decir, Beni-Jayzaran vendría a significar "descendientes del lugar donde crecen las cañas"; la tercera teoría apuesta por Aáy-yan (amasadores de yeso), traduciéndose entonces como "Hijos de los Amasadores”. Una alusión tan significativa a este gremio en Beniaján tiene sobrada explicación, puesto que en aquella época ya se explotaban los importantes yacimientos de sulfato de cal hidratado existentes en nuestra sierra; estos sulfatos, tratados al fuego y una vez molidos, dan lugar al yeso, localizándose en la zona desde tiempo inmemorial hornos destinados a la fabricación de este producto.
La floreciente labor agrícola junto con el abundante trabajo que generaban las canteras de yeso, pasarían a convertir el Beniaján de los musulmanes en uno de los pueblos más pujantes y productivos de toda la vega. Mientras, en las encumbradas cimas de la serranía, también se levantaron torreones de defensa desde los que dominar el valle; restos de aquellas fortalezas quedan aún en el Puntarrón y en el Cabezo del Moro.
En el siglo XIII, tras la Reconquista, Beniaján y todas sus tierras pasaron de manos de la Corona a las de la Diócesis, quedando finalmente en propiedad del rey. Familias nobles siguieron explotando las fértiles huertas beniajanenses; también las órdenes monásticas de San Juan de Dios y de los Carmelitas, influenciando de forma decisiva en la vida civil y religiosa de la villa.
En el año 1.474 se firma el acta fundacional del Heredamiento de Beniaján, bajo cuyas ordenanzas se ha venido regulando hasta hoy la distribución de las aguas de la Acequia de Beniaján, una de las más importantes del sistema general de riego en la Huerta de Murcia. Este canal, de reminiscencias árabes y vital en el desarrollo agrario de la Cordillera Sur, parte de la Acequia Mayor de Alquibla para morir en los azarbes de Beniel, despues de recorrer un trazado de casi 20 kilómetros.
En el siglo XVI, Beniaján ya cuenta con 40 cabezas de familia (unos 200 vecinos) y se convierte en el pueblo más importante de toda la Cordillera; llega incluso a alcanzar la autonomía municipal del ayuntamiento capitalino, aunque la perdería tiempo después.
Durante los siglos XVII y XVIII, de gran esplendor en todo el Reino de Murcia por el auge del comercio de la seda, se producirá un importante aumento demográfico en la comarca y el enriquecimiento generalizado de la población. La suntuosidad y magnificencia aportadas al templo arciprestal de San Juan Bautista, principal iglesia de la villa, culminada en esta época, es un claro referente de dicha bonanza.
Entre 1814 y 1856 Beniaján consigue de nuevo la independencia, años en los que también nace el llamado Cantonalismo. Antonio Gálvez Arce, máximo representante de este revolucionario movimiento político en Levante, es una figura clave en la historia local del último tercio del siglo XIX, ya que su vida transcurriría en esta zona, gran parte de sus seguidores eran beniajanenses y acabó convirtiendo a Beniaján en uno de los bastiones de defensa del murcianismo a nivel nacional.
Con el siglo XX, llega a Beniaján el ferrocarril y con él un desarrollo económico sin precedentes en toda la región. Aparecen nuevas industrias, especialmente las dedicadas a los derivados de la agricultura, y surge el fenómeno de la exportación hortofrutícola a niveles internacionales. Sólo la Guerra Civil supuso un punto de inflexión en esta pujanza que llega hasta nuestros días, donde una enriquecedora trayectoria comercial y cultural avanza en paralelo al desarrollo industrial y social del Beniaján de hoy.